-GUI（）是一個(gè)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)才能交互建立復(fù)雜模擬的輸入模型，模型可用于、NAMD、、AMBER、、、、和軟件。-GUI的開(kāi)發(fā)項(xiàng)目已被廣泛用于各類目的，現(xiàn)今包含許多不同的模塊，借以Input模塊中構(gòu)建廣泛的分子模擬系統(tǒng)。
一、使用說(shuō)明
1.使用前要先用學(xué)術(shù)郵箱注冊(cè)，驗(yàn)證郵箱后直接登陸就可以去建我們想建的模型
2.登入帳號(hào)后，依次點(diǎn)擊Input-->-->，還會(huì)出現(xiàn)右圖，網(wǎng)頁(yè)下拉能夠看見(jiàn)/以及Only兩個(gè)模塊。
可以幫助用戶生成一系列輸入，以建立用于分子動(dòng)力學(xué)模擬的蛋白質(zhì)/膜復(fù)合物。
*注意在notethat下邊有三句話：
1.lipidcanbebuiltwithDMPC,DPPC,DOPC,POPC,DLPE,andPOPE.（DMPC、DPPC、DOPC、POPC、DLPE和POPE可產(chǎn)生均質(zhì)脂類雙分子層）
2.alipidcanbebuiltwith434lipid(seelipidlist).（非均相脂類雙分子層可以由434種不同的脂類分子組成（看lipidlist））
3.thecanbeusedforalipid(onlyusingthe).（非均質(zhì)膜建立模塊可用于均質(zhì)脂類雙分子層建立）
二、構(gòu)建非均質(zhì)膜
1）點(diǎn)擊Only，
2）點(diǎn)擊NextStep:，還會(huì)出現(xiàn)右圖所示頁(yè)面：
出現(xiàn)一行紅字：”Lipid”選項(xiàng)不在支持，可以使用”Lipid”來(lái)建立Lipid。所以我們直接
3）點(diǎn)擊Lipid，出現(xiàn)右圖：
*注：
BoxType:長(zhǎng)圓形（默認(rèn)）
多邊形（只有、NAMD、支持）
ofZbasedon:
Water水層寬度，默認(rèn)值22.5，是體系底部和頂部的最小水層高度
水素?cái)?shù)細(xì)胞膜模型制作，默認(rèn)值50，是每位脂類分子對(duì)應(yīng)的水份子數(shù)
通常選擇water的默認(rèn)值或則更改默認(rèn)值
ofXYbasedon:
oflipid脂類成份百分比
oflipid脂類成份的數(shù)目
ofXandY:NUM(初猜)
（X軸和Y軸的系統(tǒng)規(guī)格必須相同）
LipidType脂類類型[e]脂類所帶電荷
TailInfo[sn1/sn2]尾信息鍵盤(pán)箭頭放起來(lái)才會(huì)出現(xiàn)脂類的二維圖
Ratio()上半層脂類所占比列（具體數(shù)量）
()下半層脂類所占比列（具體數(shù)量）
Area脂類的表面積
其中Ratio()/()填寫(xiě)比列還是具體脂類分子數(shù)取決于3中，我們選定的是oflipid，還是oflipid。
實(shí)際建立大腸鏈球菌細(xì)胞膜，磷脂雙分子層組成：POPE：POPG：POCL1=75%：25%：5%，選擇如右圖：
根據(jù)比率選擇后，點(diǎn)擊showtheinfo按鍵，還會(huì)出現(xiàn)右圖紅框中的內(nèi)容：
點(diǎn)擊網(wǎng)頁(yè)右下角NextStep:thesize，等待估算過(guò)程完成，會(huì)出現(xiàn)右圖：
通常這頁(yè)沒(méi)有錯(cuò)誤，就可點(diǎn)擊NextStep，之后添加平衡離子，默認(rèn)是KCL，假如要修改離子類型，須要點(diǎn)擊，重新估算修改后離子的數(shù)量模擬體系的規(guī)格，X、Y、Z個(gè)方向，點(diǎn)擊NextStep:Buildmodel，等待估算完成得到右圖頁(yè)面：
點(diǎn)擊Nextstep:，等待估算過(guò)程完成出現(xiàn)右圖頁(yè)面：
點(diǎn)擊Nextstep:，等待估算過(guò)程完成出現(xiàn)右圖頁(yè)面：
氣溫可更改view，可以點(diǎn)開(kāi)看模型，這兒要自己自動(dòng)選擇，選擇完成后
點(diǎn)擊Nextstep:and，估算完成后出現(xiàn)右圖：
點(diǎn)擊頁(yè)面右上角的.tgz，才能下載-GUI建完后的非均質(zhì)磷脂雙分子層模型。
四、解壓獲取拓?fù)湮募A
下載完成后細(xì)胞膜模型制作，解壓后會(huì)得到、兩個(gè)文件夾以及若干文件，文件夾下包含拓?fù)湮募A以及用于模擬的輸入文件以及參數(shù)文件。
我們把文件夾復(fù)制到Linux系統(tǒng)中，打開(kāi)文件可以看見(jiàn)#!/bin/csh，該文件是一個(gè)cshshell文件，運(yùn)行命令：chmod+x;csh即可對(duì)模型進(jìn)行動(dòng)力學(xué)模擬。右圖紅框是更改及添加的內(nèi)容，根據(jù)更改后文件可順利運(yùn)行。